Ouvert au public en 1845, le musée du Havre est le premier musée à voir entrer des œuvres d’Eugène Boudin dans ses collections, et ce, dès 1853-1854. Bénéficiaire d’une bourse octroyée par la municipalité pour aller étudier à Paris, Boudin, doit, en contrepartie, envoyer des copies d’œuvres de maîtres anciens exécutées au musée du Louvre. Les deux premières peintures à entrer dans les collections havraises sont donc deux copies d’après des maîtres hollandais du XVIIe siècle, suivies d’une œuvre personnelle, Gibier et fruits sur une table.
 
En 1860, la Ville du Havre achète pour la somme de 500 francs la première œuvre présentée par l’artiste au Salon : Le Pardon de Sainte-Anne-la-Palud au fond de la baie de Douarnenez (Finistère). Trente ans plus tard, elle achète une dernière peinture, Le Bassin de Deauville. Un petit lot de dix dessins et une aquarelle « représentant des vues de l’ancien Havre »  entre en 1891.
Enfin, en 1893, la veuve de Ferdinand Martin, fidèle ami de Boudin, donne au musée deux petits panneaux représentant l’entrée du port du Havre.

A la mort de l’artiste en 1898, le musée du Havre possède donc 7 peintures, 10 dessins et 1 aquarelle de Boudin, presque toutes œuvres de jeunesse.
 
Sans descendant, Boudin envisage sa succession et prend la décision de donner une peinture au musée du Havre, Nature morte aux poissons (1873). Il laisse à ses amis le soin de décider de donner une ou deux autres œuvres supplémentaires.  Deux ans plus tard, en 1900… ce sont en fait 240 œuvres qui sont données par le frère du peintre, Louis Boudin, sur les conseils de Gustave Cahen, l’exécuteur testamentaire de l’artiste ! L’attachement de Louis Boudin au Havre où il vit a sans doute pesé dans cette transaction, mais plus encore la volonté de Gustave Cahen de servir la mémoire de l’artiste et de lui assurer une place de choix dans les collections publiques françaises. C’est en effet grâce à lui que le musée d’Orsay conserve un aussi grand fonds de dessins (pas loin de 6 400 pièces).
Les « 240 études sur toiles et panneaux » sont inscrits au registre d’inventaire du musée sous un seul numéro. Les oeuvres proviennent toutes du fonds d’atelier de l’artiste. Elles illustrent une vie de travail, de quête, de recherches… des œuvres gardées jusqu’au bout, œuvres plus personnelles, non vendues, esquisses de la fin…
 
L’entre-deux-guerres voit paradoxalement le fonds s’enrichir et perdre des Boudin. Autre temps autres mœurs… le musée pour agrandir ses collections de « 77 dessins et croquis d’Eugène Boudin » rétrocède huit tableaux.
 
Le fonds se développera désormais grâce à la générosité d’amateurs d’art. En 1936, Charles-Auguste Marande, négociant et membre fondateur du Cercle de l’art moderne, lègue sa collection au musée dont une œuvre de Boudin, Entrée du Port de Trouville. Près de 70 ans plus tard, en 2004 et 2005, 28 nouvelles œuvres (peintures et aquarelles) provenant de la collection d’un autre négociant, amateur et membre du Cercle de l’art moderne, Olivier Senn, viennent compléter le fonds Boudin grâce à sa petite-fille Hélène Senn-Foulds et à son petit-fils par alliance Pierre-Maurice Mathey. Elles témoignent de l’importante représentation de Boudin dans les collections privées havraises et du rôle que jouèrent ces amateurs d’art dans la vie de l’artiste.