Marquet peint La Baie d’Alger lors de son deuxième séjour en Algérie. L’artiste réside alors au Royal Hôtel d’Alger, de janvier à mars 1921. Parcourant les hauteurs de la ville, il découvre des points de vue pittoresques sur le port et sur les jardins à flanc de colline. Marquet pose son chevalet dans le quartier de Mustapha Supérieur, autrefois situé dans les faubourgs d’Alger, où il peint des vues de la baie depuis un premier plan occupé par de flamboyants massifs fleuris ponctués de cyprès verts. Ces œuvres hautes en couleurs suscitent la curiosité des amateurs locaux que l’artiste reçoit volontiers à son domicile.

C’est le temps des voyages et du plein épanouissement de son art. Ses paysages sont harmonieux, équilibrés, tout à la fois synthétiques et naturalistes, et empreints d’une douce lumière méditerranéenne. Dès le mois de mars 1921, Marquet abandonne provisoirement la capitale algérienne pour entreprendre un voyage vers les oasis en compagnie du peintre Jean Launois et de Marcelle Martinet, qui deviendra sa femme deux ans plus tard. Désormais, le couple retourne régulièrement passer l’hiver en Algérie, avant de s’y installer définitivement lors de la Seconde Guerre mondiale.
 
La Baie d’Alger est acquise par Olivier Senn auprès du marchand Druet le 20 septembre 1921, en même temps que deux autres tableaux, Herblay, automne et Les Femmes d’Alger. Appréciant tout particulièrement les paysages lumineux et colorés d’Afrique du Nord, le collectionneur se porte acquéreur, deux ans plus tard, d’un autre tableau de la série, Intérieur à Sidi-Bou-Saïd de 1923, entré dans les collections du MuMa grâce à la donation d’Hélène Senn-Foulds en 2005.