La première et unique publication du fonds Boudin datait de 1987. À cette époque, Françoise Cohen, conservatrice du musée, avait étudié les œuvres pièce par pièce et proposé pour chacune une identification et une datation, en s’appuyant notamment sur le catalogue raisonné de l’œuvre peint de Boudin publié par Robert Schmit en 1973. Cette entreprise colossale avait trouvé son aboutissement en 1999, lorsque le musée Malraux avait rouvert ses portes au public après deux ans de travaux de rénovation. Le fonds d’atelier d’Eugène Boudin était désormais présenté à l’étage, sur une longue cimaise suspendue et dans de petits cabinets adjacents : la centaine d’études de vaches sur la cimaise, les études de paysages, natures mortes, études de ciel, etc. dans les cabinets.
À l’époque, une simple moulure dorée avait été préférée au cadre classique et l’ensemble du fonds avait été traité de manière uniforme pour donner à l’ensemble une grande cohérence de présentation.

En 2006, après l’arrivée de la donation Senn-Foulds, un nouvel accrochage complet de l’étage du musée a été effectué. La nécessité de dégager de l’espace pour présenter la nouvelle donation a conduit le MuMa à transférer en réserve une partie importante des études de vaches pour garder et mettre en valeur les études de paysages.

Dès 2015, dans la perspective de l’exposition qui se préparait, l’équipe du MuMa, aidée par Laurent Manœuvre et Anne-Marie Bergeret, les commissaires scientifiques de l’exposition, a entrepris de réexaminer les titres et les dates de l’ensemble des œuvres à la lumière de nouvelles archives ou de nouvelles informations.

C’est ainsi qu’un tableau intitulé jusque-là La Crique en Bretagne, daté vers 1890-1897, a retrouvé sa véritable identité en étant comparé à une toile ayant appartenu à l’Art Gallery of Ontario et passée sur le marché de l’art new-yorkais en mai 2015. Crique de Bretagne a ainsi été identifié comme une étude pour le tableau présenté par Boudin au Salon de 1892, Beaulieu, la baie des Fourmis, effet du matin… Loin d’avoir été peint en Bretagne, ce lumineux paysage a donc été exécuté sur la Côte d’Azur,
où Boudin séjourna en 1892 et 1893. D’autres réattributions moins spectaculaires ont été faites à l’occasion de ce chantier et de nouvelles datations ont été proposées. Tout ce travail a abouti à la publication sur la base de données mise en ligne à l’été 2016 de l’ensemble des informations concernant les trois cent vingt-cinq œuvres de Boudin que compte notre collection.

Certaines œuvres ont été restaurées et une réflexion a été engagée sur le parti pris de l’encadrement. La moulure fine adoptée en 1999 n’est pas apparue comme toujours très appropriée. En effet, elle pouvait parfois nuire à la lisibilité de certaines œuvres. Il a été décidé de jouer sur une plus grande diversité pour distinguer les pièces qui méritaient de l’être et pour créer un rythme nouveau dans l’accrochage. Une vaste campagne de réencadrement a donc été programmée, notamment pour les œuvres présentées par Boudin lui-même dans des expositions officielles (la Vue de Caudebec-en-Caux exposée au Salon de 1890 par exemple, mais surtout Le Pardon de Sainte-Anne-la-Palud, premier envoi de l’artiste au Salon parisien en 1859).

Une meilleure connaissance des œuvres et de leurs dates d’exécution a conduit à revoir quelque peu le sens de l’accrochage. Une présentation plus respectueuse de la chronologie a été adoptée. Elle permet de mieux comprendre la singularité de notre fonds – un fonds d’atelier – et de mesurer l’importance relative de la présence des œuvres tardives. Ainsi notre fonds, plus qu’un autre, peut-il faire percevoir au visiteur  le degré de liberté auquel Boudin était parvenu à la fin de sa vie.
La dernière partie de l’exposition « Eugène Boudin, l’atelier de la lumière » s’intitulait « La disparition du motif ». Réunies en fin de cimaise, les extraordinaires esquisses peintes par Boudin dans les années 1890 témoignent de cet affranchissement du motif auquel atteint l’artiste à cette période de sa vie.